Variant DetailsVariant: esv2731864 | Internal ID | 10315500 | | Landmark | | | Location Information | | | Cytoband | 6p21.32 | | Allele length | | Assembly | Allele length | | hg38 | 132909 | | hg19 | 132909 |
| | Variant Type | CNV deletion | | Copy Number | | | Allele State | | | Allele Origin | | | Probe Count | | | Validation Flag | | | Merged Status | M | | Merged Variants | dgv999e201 | | Supporting Variants | essv6736946, essv6705023, essv6881421, essv6795443, essv6963717, essv6760786, essv6889265, essv6869756, essv6826400, essv6778194, essv6887833, essv6730890, essv6822433, essv6727121, essv6701080, essv6760775, essv6844955, essv6875711, essv6896764, essv6703743, essv6676558, essv6811309, essv6719433, essv6903721, essv6844945, essv6795388, essv6826401, essv6708444, essv6808422, essv6680386, essv6918812, essv6727114, essv6841257, essv6711839, essv6794644, essv6751584, essv6930434, essv6869745, essv6833793, essv6743167, essv6872759, essv6711831, essv6826405, essv6943430, essv6767529, essv6805436, essv6918819, essv6705024, essv6969365, essv6939013, essv6690445, essv6825987, essv6963722, essv6956994, essv6770829, essv6757389, essv6705035, essv6860856, essv6953039, essv6918830, essv6934715, essv6678699, essv6723239, essv6719428, essv6703754, essv6760720, essv6951905, essv6939009, essv6814325, essv6869750, essv6907567, essv6794649, essv6865589, essv6678633, essv6907564, essv6969358, essv6928540, essv6911342, essv6918814, essv6705021, essv6953150, essv6963720, essv6947787, essv6860867, essv6947790, essv6760029, essv6711835, essv6849114, essv6690460, essv6849116, essv6757385, essv6687247, essv6956989, essv6767528, essv6896763, essv6690450, essv6934706, essv6903723, essv6860861, essv6928518, essv6872762, essv6748738, essv6719430, essv6690449, essv6826065, essv6930426, essv6826009, essv6899712, essv6926807, essv6969366, essv6841260, essv6748740, essv6825998, essv6736949, essv6923073, essv6798856, essv6808426, essv6947781, essv6798862, essv6748734, essv6872757, essv6911347, essv6734347, essv6676570, essv6808421, essv6896766, essv6928573, essv6849113, essv6687240, essv6844949, essv6802569, essv6818204, essv6762640, essv6754537, essv6805437, essv6727119, essv6951903, essv6711837, essv6711840, essv6918831, essv6875714, essv6918825, essv6798863, essv6844953, essv6705027, essv6869758, essv6860860, essv6947782, essv6782208, essv6760022, essv6822436, essv6830177, essv6811307, essv6760876, essv6826403, essv6730882, essv6690446, essv6760887, essv6907561, essv6705034, essv6676557, essv6855210, essv6782214, essv6951898, essv6795454, essv6943429, essv6711841, essv6869744, essv6680396, essv6826406, essv6678622, essv6974759, essv6760731, essv6855176, essv6760709, essv6974761, essv6690453, essv6808427, essv6705029, essv6795521, essv6734352, essv6811308, essv6782202, essv6889043, essv6963715, essv6818210, essv6860863, essv6963726, essv6872755, essv6805439, essv6911344, essv6782205, essv6872760, essv6757392, essv6687245, essv6683989, essv6956988, essv6930433, essv6767541, essv6826398, essv6889487, essv6963723, essv6798857, essv6701075, essv6943432, essv6757390, essv6802570, essv6697905, essv6907565, essv6770831, essv6782203, essv6849117, essv6918824, essv6844952, essv6687244, essv6869755, essv6690457, essv6805435, essv6928496, essv6708446, essv6676561, essv6808425, essv6893528, essv6939010, essv6751587, essv6719427, essv6860859, essv6951899, essv6928607, essv6926812, essv6671089, essv6893529, essv6918813, essv6890224, essv6798849, essv6765015, essv6694152, essv6849111, essv6798860, essv6782211, essv6825976, essv6969357, essv6869757, essv6782204, essv6889710, essv6778202, essv6760808, essv6869742, essv6687241, essv6711833, essv6711838, essv6795476, essv6956990, essv6899707, essv6881415, essv6961139, essv6795510, essv6767530, essv6939016, essv6754530, essv6943427, essv6844947, essv6818205, essv6822430, essv6907569, essv6869749, essv6723242, essv6837429, essv6805434, essv6855216, essv6890226, essv6751583, essv6723241, essv6951893, essv6687243, essv6872758, essv6826031, essv6903725, essv6822434, essv6911346, essv6723233, essv6711834, essv6719432, essv6865585, essv6676567, essv6730888, essv6915077, essv6760843, essv6818207, essv6728732, essv6903727, essv6947789, essv6736947, essv6818212, essv6833784, essv6928473, essv6875710, essv6818208, essv6774587, essv6778196, essv6855218, essv6765010, essv6703798, essv6926810, essv6928596, essv6923067, essv6939012, essv6667559, essv6811313, essv6798854, essv6690448, essv6934720, essv6795410, essv6928507, essv6826407, essv6676568, essv6961173, essv6903722, essv6743172, essv6963724, essv6770828, essv6849119, essv6751581, essv6884237, essv6865586, essv6767534, essv6690452, essv6899713, essv6743165, essv6860866, essv6782209, essv6762638, essv6778197, essv6974763, essv6765013, essv6760030, essv6734346, essv6703765, essv6869752, essv6683988, essv6667552, essv6869747, essv6849110, essv6730891, essv6887844, essv6795421, essv6708445, essv6849112, essv6887013, essv6727115, essv6934704, essv6751588, essv6943422, essv6711836, essv6844950, essv6934714, essv6818213, essv6790507, essv6690458, essv6926803, essv6918821, essv6826396, essv6808419, essv6961073, essv6918828, essv6774584, essv6961040, essv6830178, essv6833794, essv6676560, essv6923075, essv6844951, essv6680391, essv6795488, essv6760025, essv6734345, essv6736948, essv6765011, essv6798864, essv6808418, essv6794648, essv6701072, essv6680387, essv6798851, essv6762641, essv6723231, essv6705028, essv6881413, essv6774583, essv6676565, essv6667558, essv6762637, essv6963714, essv6890225, essv6872754, essv6961095, essv6782206, essv6680389, essv6703710, essv6667557, essv6728721, essv6956987, essv6760821, essv6884236, essv6974758, essv6748735, essv6926808, essv6708441, essv6751582, essv6865584, essv6869751, essv6855208, essv6884233, essv6794651, essv6760027, essv6930430, essv6671092, essv6694156, essv6934705, essv6754535, essv6701070, essv6918811, essv6728821, essv6833791, essv6728765, essv6694157, essv6855209, essv6705036, essv6951896, essv6739969, essv6855217, essv6805433, essv6786398, essv6934713, essv6841258, essv6667556, essv6969360, essv6911345, essv6723234, essv6923071, essv6951894, essv6860864, essv6855187, essv6837428, essv6884230, essv6889376, essv6884234, essv6963725, essv6841252, essv6671095, essv6951904, essv6795432, essv6826397, essv6760764, essv6705022, essv6760854, essv6765016, essv6730884, essv6786396, essv6837432, essv6676562, essv6826404, essv6915078, essv6723240, essv6928529, essv6760742, essv6730886, essv6760026, essv6881422, essv6762636, essv6884240, essv6896768, essv6683990, essv6730885, essv6943431, essv6770830, essv6767539, essv6918832, essv6860868, essv6918822, essv6808416, essv6918823, essv6943423, essv6734349, essv6676563, essv6928485, essv6822435, essv6760033, essv6943435, essv6841254, essv6798858, essv6778203, essv6767535, essv6875721, essv6676569, essv6748739, essv6926809, essv6888821, essv6860862, essv6961195, essv6715519, essv6782201, essv6974764, essv6956993, essv6881423, essv6887855, essv6951901, essv6887012, essv6881417, essv6728776, essv6705026, essv6923076, essv6794647, essv6833792, essv6782207, essv6703787, essv6923068, essv6844944, essv6690456, essv6963721, essv6930435, essv6814322, essv6826402, essv6774585, essv6723236, essv6961028, essv6969356, essv6757384, essv6811306, essv6814319, essv6953261, essv6822431, essv6798852, essv6723238, essv6887866, essv6794650, essv6934718, essv6757386, essv6833785, essv6723237, essv6887011, essv6805441, essv6687246, essv6778195, essv6969361, essv6947791, essv6774582, essv6951902, essv6708440, essv6875717, essv6833789, essv6833786, essv6760753, essv6855215, essv6884239, essv6701071, essv6678711, essv6855213, essv6814320, essv6918826, essv6907568, essv6818203, essv6678655, essv6708447, essv6728798, essv6808424, essv6719426, essv6969363, essv6939015, essv6728843, essv6943433, essv6969359, essv6855212, essv6943421, essv6703732, essv6939011, essv6888599, essv6678666, essv6923070, essv6743168, essv6855211, essv6786397, essv6837430, essv6875713, essv6884238, essv6795499, essv6705033, essv6690455, essv6678644, essv6869748, essv6705037, essv6939014, essv6782212, essv6947785, essv6928562, essv6798853, essv6701073, essv6951897, essv6703809, essv6760023, essv6767537, essv6808423, essv6974760, essv6826020, essv6855154, essv6887822, essv6760024, essv6918815, essv6723245, essv6678722, essv6778200, essv6795399, essv6947792, essv6889598, essv6947780, essv6893530, essv6826054, essv6757391, essv6708439, essv6961051, essv6961184, essv6903726, essv6765017, essv6896767, essv6969367, essv6969364, essv6841259, essv6934711, essv6899706, essv6943434, essv6911340, essv6743171, essv6961128, essv6760797, essv6881418, essv6951892, essv6794645, essv6683986, essv6826043, essv6855214, essv6767536, essv6730889, essv6961084, essv6719429, essv6814323, essv6930427, essv6888710, essv6680393, essv6678688, essv6743169, essv6860858, essv6875722, essv6849108, essv6956995, essv6918827, essv6911343, essv6671093, essv6723235, essv6757388, essv6952817, essv6727117, essv6830173, essv6705030, essv6961206, essv6939008, essv6770833, essv6947788, essv6918833, essv6790509, essv6754534, essv6956998, essv6928551, essv6841256, essv6719425, essv6869753, essv6943424, essv6923069, essv6667561, essv6969368, essv6907563, essv6680394, essv6934710, essv6930436, essv6734350, essv6765014, essv6878628, essv6754536, essv6961117, essv6757393, essv6786400, essv6947786, essv6805440, essv6690459, essv6875715, essv6690451, essv6888932, essv6830174, essv6841255, essv6956991, essv6667560, essv6762639, essv6869746, essv6881414, essv6833788, essv6963716, essv6678677, essv6723244, essv6903720, essv6860871, essv6751585, essv6730883, essv6778198, essv6786401, essv6727116, essv6930432, essv6923066, essv6728743, essv6956992, essv6930428, essv6790511, essv6855198, essv6728854, essv6697906, essv6676559, essv6951900, essv6849118, essv6875719, essv6676564, essv6748737, essv6926811, essv6814326, essv6690447, essv6728754, essv6705032, essv6671097, essv6849115, essv6844948, essv6703776, essv6795377, essv6926802, essv6671094, essv6961151, essv6830175, essv6680395, essv6734348, essv6865588, essv6833783, essv6956999, essv6918820, essv6701074, essv6818211, essv6715520, essv6952928, essv6872756, essv6767531, essv6760028, essv6687239, essv6765018, essv6889154, essv6811311, essv6767540, essv6875718, essv6790508, essv6926804, essv6884232, essv6754533, essv6705025, essv6947783, essv6928584, essv6918816, essv6833790, essv6903724, essv6872761, essv6907566, essv6778201, essv6798859, essv6794646, essv6875716, essv6701078, essv6961162, essv6798850, essv6926805, essv6860869, essv6875712, essv6878629, essv6844946, essv6728787, essv6748736, essv6934709, essv6754529, essv6728809, essv6748741, essv6701076, essv6767533, essv6934716, essv6703721, essv6782213, essv6671091, essv6860870, essv6899708, essv6930431, essv6734351, essv6782200, essv6969369, essv6884235, essv6765012, essv6767538, essv6961062, essv6719434, essv6701079, essv6671096, essv6680392, essv6782215, essv6667554, essv6760032, essv6814324, essv6690444, essv6728832, essv6760865, essv6923072, essv6798861, essv6743170, essv6727118, essv6760832, essv6818206, essv6943426, essv6934703, essv6911339, essv6770827, essv6754531, essv6808417, essv6708443, essv6805438, essv6881419, essv6697907, essv6690442, essv6860857, essv6795465, essv6808428, essv6837427, essv6934712, essv6961106, essv6881416, essv6963719, essv6667553 | | Samples | SSM100, SSM059, SSM036, SSM008, SSM083, SSM071, SSM027, SSM024, SSM075, SSM045, SSM046, SSM011, SSM064, SSM079, SSM065, SSM087, SSM038, SSM097, SSM039, SSM013, SSM009, SSM073, SSM093, SSM050, SSM074, SSM042, SSM088, SSM002, SSM041, SSM057, SSM023, SSM058, SSM028, SSM092, SSM084, SSM090, SSM021, SSM047, SSM018, SSM069, SSM061, SSM029, SSM096, SSM062, SSM026, SSM089, SSM017, SSM019, SSM035, SSM094, SSM032, SSM003, SSM031, SSM067, SSM044, SSM001, SSM014, SSM086, SSM033, SSM066, SSM006, SSM085, SSM068, SSM081, SSM040, SSM072, SSM082, SSM020, SSM007, SSM015, SSM078, SSM016, SSM053, SSM005, SSM080, SSM037, SSM077, SSM076, SSM022, SSM010, SSM091, SSM070, SSM095, SSM025, SSM034, SSM004, SSM099, SSM043, SSM052, SSM098, SSM049, SSM056, SSM030, SSM063, SSM012 | | Known Genes | HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1, HLA-DQB2 | | Method | Sequencing | | Analysis | Breakdancer:4 times standard deviation,VariationHunter:4 times standard deviation and at least 3 supportting reads | | Platform | Illumina HiSeq 2000 | | Comments | | | Reference | Wong_et_al_2012b | | Pubmed ID | 23290073 | | Accession Number(s) | esv2731864
| | Frequency | | Sample Size | 96 | | Observed Gain | 0 | | Observed Loss | 95 | | Observed Complex | 0 | | Frequency | n/a |
|
|